Добрый день, уточните модель,год, тип двигателя и КПП вашего Субару.Номенклатурный номер какой на вашей КПП и которой вы поставили? Проводка новой КПП подключилась к проводке от старой разъем в разъем? количество пинов в разъеме новой и старой КПП совпадают? нет ли загнутых или окислившихся? Гидротрансформатор был с новой КПП свой? Поддон новой КПП не замят? Аварийный режим КПП означает что он еде на третей передаче, вам необходимо сделать компьютерную диагностику чтобы выяснить хотябы номер ошибки по КПП.